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Protein figures without opening PyMOL

py2Dmol turns a PDB ID into a drawing you can actually use, in a browser tab, with a transparent background and the ligand still in it.

2026 · 08 · 17Tool notepy2Dmol · figures~2 min

Type a four-character PDB ID and you get a drawing. py2Dmol fetches from the RCSB PDB or from the AlphaFold database, renders in the browser, and saves a PNG. Nothing leaves the tab: all the processing is local. It is written by Sergey Ovchinnikov at MIT and released under the Beer-ware licence, which asks only that you buy him a beer if you ever meet.

One protein structure drawn four ways by py2Dmol: a tube trace coloured from N to C, a Richardson-style cartoon with paper grain, secondary-structure colours, and a version with the bound ligand as sticks. — **PDB 1FAO, the DAPP1 PH domain bound to Ins(1,3,4,5)P₄.** One structure, four looks: a tube trace coloured N to C, a Richardson cartoon with paper grain, secondary-structure colours, and the ligand drawn as sticks. All four came out of the same tab in about a minute.

Two things make it worth a bookmark. The PNG comes out with a transparent background, so it drops onto a slide without a white box around it. And it draws ligands, which is the thing quick viewers usually skip and the thing I need most.

The structure is drawn in as it loads. Recorded straight from the browser, nothing installed.

There is also a Python package, pip install py2Dmol, meant for Colab and Jupyter, with the same styles plus pAE and MSA panels. The browser version is the one I actually reach for.

Credit. py2Dmol is by Sergey Ovchinnikov. Web version: py2dmol.solab.org. Source: github.com/sokrypton/py2Dmol. The tool is his; the images here are just my own output.

Structure from the RCSB PDB, entry 1FAO.

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不打开 PyMOL 也能出蛋白质配图

py2Dmol 在一个浏览器标签页里把 PDB ID 变成能直接用的图，背景透明，配体也画得出来。

2026 · 08 · 17工具笔记py2Dmol · 配图约 2 分钟

输入四位 PDB ID 就出图。py2Dmol 从 RCSB PDB 或 AlphaFold 数据库取结构，在浏览器里渲染，导出 PNG。数据不出标签页，全部在本地处理。作者是 MIT 的 Sergey Ovchinnikov，代码以 Beer-ware 协议发布，唯一的条件是哪天见面请他喝杯啤酒。

py2Dmol 把同一个蛋白质结构画成四种样式：从 N 端到 C 端渐变的管状主链、带纸纹的 Richardson 卡通、按二级结构上色，以及把结合的配体画成棍状。 — **PDB 1FAO，DAPP1 的 PH 结构域与 Ins(1,3,4,5)P₄ 的复合物。**同一个结构，四种画法：从 N 端到 C 端渐变的管状主链、带纸纹的 Richardson 卡通、按二级结构上色，以及把配体画成棍状。四张都是在同一个标签页里一分钟左右做完的。

值得存书签的有两点。导出的 PNG 背景是透明的，贴到幻灯片上不会带一个白框。以及它会画配体，这恰好是大多数快速看图工具略过、而我最需要的东西。

结构是一边加载一边画出来的。直接在浏览器里录的，什么都没装。

另外还有一个 Python 包，pip install py2Dmol，是给 Colab 和 Jupyter 用的，风格一样，另外带 pAE 和 MSA 面板。我平时真正在用的还是网页版。

署名。py2Dmol 的作者是 Sergey Ovchinnikov。网页版：py2dmol.solab.org，源码：github.com/sokrypton/py2Dmol。工具是他写的，这里的图只是我自己跑出来的结果。

结构来自 RCSB PDB，条目 1FAO。

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PyMOL を開かずにタンパク質の図をつくる

py2Dmol はブラウザのタブの中で、PDB ID をそのまま使える図に変える。背景は透明で、リガンドも描かれる。

2026 · 08 · 17ツール覚書py2Dmol · 作図約 2 分

四文字の PDB ID を入れれば図が出る。py2Dmol は RCSB PDB か AlphaFold データベースから構造を取得し、ブラウザ内で描画して PNG を書き出す。データはタブの外に出ず、処理はすべてローカルで行われる。作者は MIT の Sergey Ovchinnikov、ライセンスは Beer-ware で、条件はいつか会ったらビールを一杯おごること、それだけである。

py2Dmol が同じタンパク質構造を四通りに描いたもの。N 末から C 末へ色が変わるチューブ、紙の質感を持つ Richardson カートゥーン、二次構造による配色、そして結合したリガンドをスティックで表示したもの。 — **PDB 1FAO、DAPP1 の PH ドメインと Ins(1,3,4,5)P₄ の複合体。**同じ構造の四つの描き方：N 末から C 末へ色が変わるチューブ、紙の質感を持つ Richardson カートゥーン、二次構造による配色、そしてリガンドをスティックで表示したもの。四枚とも同じタブの中で一分ほどで出せた。

ブックマークする価値があるのは二点。書き出した PNG は背景が透明なので、スライドに貼っても白い枠がつかない。そしてリガンドを描いてくれる。手軽なビューアが省きがちで、こちらが最も必要としている部分である。

構造は読み込みながら描かれていく。ブラウザで直接録画したもので、インストールは不要。

Python パッケージもある。pip install py2Dmol で、Colab と Jupyter 向け。同じスタイルに加えて pAE と MSA のパネルが使える。普段実際に開いているのはブラウザ版のほうである。

クレジット。py2Dmol の作者は Sergey Ovchinnikov。ウェブ版：py2dmol.solab.org、ソース：github.com/sokrypton/py2Dmol。ツールは彼の作であり、ここに載せた図は自分で出力しただけのものである。

構造は RCSB PDB のエントリ 1FAO より。

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